La Procuraduría General de la Nación sancionó a Lilia Margarita Amaya Núñez a la suspensión del cargo por seis meses por haber omitido el cumplimiento de sus funciones de vigilancia en la suscripción de la prórroga de un contrato cuando esta era la directora del Insituto de Tránsito del Atlántico. Amaya actualmente es la curadora urbana N. 2 de Barranquilla. 

El Ministerio Público comenzó su actuación por un informe de la Contraloría Departamental del Atlántico sobre un contrato de prestación de servicio suscrito entre Amaya Núñez y el Centro Integral de Atención en Servicios de Tránsito del Caribe CIA Caribe Ltda, el 2 de agosto de 2010, con la representación legal de Cristina Gómez Duarte por parte del contratista. 

Un año después, el 28 de diciembre de 2011, la exfuncionaria y la firma contratista firmaron una prórroga al contrato por un periodo de 10 meses, pero en esta ocasión, la representante legal del contratista era otra persona: Alejandra Ferrer, quien para la fecha de la firma no tenía facultad para suscribir el contrato.

Teniendo en cuenta que Amaya ya no ejerce el cargo, la sanción fue convertida en seis meses de salario devengado en ese entonces, recursos que debe destinar al Instituto de Tránsito del Atlántico.

Contra la decisión de primera instancia no se presentó recurso alguno, por lo que el fallo quedó ejecutoriado.