La Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) excluyó al teniente coronel (r) José Pastor Ruiz Mahecha del Sistema Integral para la Paz (SIP) por "incumplir grave e injustificadamente el régimen de condicionalidad". 

La Sección de Ausencia de Reconocimiento de Verdad (SAR) del Tribunal para la Paz concluyó que Ruiz Mahecha no realizó aportes efectivos al esclarecimiento de la verdad, desconoció reiteradamente la verdad judicial establecida en sentencias condenatorias ejecutoriadas e incumplió los compromisos asumidos ante la justicia transicional. 

"Como consecuencia de esta exclusión, el proceso adversarial en su contra será remitido a la Unidad de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario de la Fiscalía General de la Nación para que continúe la investigación por los presuntos delitos de homicidio en persona protegida y desaparición forzada, tipificados como crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra", explicó la jurisprudencia.

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Además, un segundo proceso retornará al Juzgado Primero Penal del Circuito Especializado de Florencia (Caquetá) para que continúe la etapa de juzgamiento.

La exclusión se produjo después de un trámite de un incidente de verificación del Régimen de Condicionalidad abierto en marzo de 2026, a solicitud del apoderado de las víctimas y del Ministerio Público, para evaluar el cumplimiento de las obligaciones asumidas por el compareciente. 

Una vez agotadas las etapas probatorias y de alegatos, la Unidad de Investigación y Acusación (UIA), que actúa como la Fiscalía de la JEP, solicitó declarar el incumplimiento al considerar que el teniente coronel retirado no cumplió con lo establecido.

Cuando se sometió a la JEP, Ruiz Mahecha ya contaba con tres sentencias condenatorias ejecutoriadas proferidas por la justicia penal ordinaria por los delitos de homicidio en persona protegida y concierto para delinquir, relacionados con hechos ocurridos el 22 y el 26 de octubre de 2002, en los que murieron 20 personas, así como por tráfico, fabricación o porte de armas de fuego. 

En la JEP el compareciente está vinculado al macrocaso de los 'Falsos positivos', como máximo responsable en el subcaso Costa Caribe, al ser jefe de inteligencia y de operaciones del Batallón Artillería N°2 La Popa, en Valledupar.

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Asimismo, fue vinculado al caso de asociación a grupos paramilitares por parte de la fuerza pública u otros agentes del Estado.

La JEP registra 119 exclusiones por incumplimiento de las obligaciones asumidas ante el Sistema Integral para la Paz. De ellas, 80 corresponden a exintegrantes de las Farc-EP, 19 a miembros de la fuerza pública, 8 a agentes del Estado no integrantes de la fuerza pública, 4 a terceros civiles y 8 a comparecientes de otras categorías o en proceso de verificación.