Después de tres torneos, Junior vuelve a una final de la Liga Colombiana, en la cual se enfrentará al Deportes Tolima, un duelo inédito en esta instancia de los torneos cortos.

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Tras la conquista de la décima estrella con la dirección técnica de Arturo Reyes, en el segundo semestre de 2023, Junior se clasificó a los tres cuadrangulares siguientes, pero no le alcanzó para disputar el título.

En el primer semestre de 2024, con Reyes en el banco técnico, Junior perdió la posibilidad en la última fecha de los cuadrangulares al caer 2–0 ante Millonarios, en Bogotá.

En ese cuadrangular, los cuatro equipos terminaron con 8 puntos. El finalista fue Bucaramanga, gracias al punto invisible. Millonarios fue segundo, Pereira tercero y Junior cuarto.

En el segundo semestre de 2024, con el venezolano César Farías, que reemplazó a Reyes, también se quedó por fuera en la última fecha de los cuadrangulares al caer 2–0 ante América, en Cali. Junior fue cuarto con 7 puntos y el finalista fue Tolima, que sumó 10 unidades, por delante de Once Caldas y América, con 9 y 7, respectivamente.

Con Farías en el cargo, Junior tampoco pudo acceder a la final en el primer semestre de 2025. El equipo tiburón solo hizo un punto de 18 posibles, igualando su peor campaña en cuadrangulares de torneos cortos, con la del segundo torneo de 2022. El finalista fue Medellín, que contabilizó 14 puntos.

Con Alfredo Arias, el equipo rojiblanco fue quinto en el todos contra todos con 35 puntos.